Στον τράχηλο ο ιός προκαλεί ενδοεπιθηλιακές αλλοιώσεις (C.I.N:Cervical Intraepithelial Neoplasia )που ανάλογα με την βαρύτητα τους κατηγοριοποιούνται σε
ΧΑΜΗΛΟΒΑΘΜΕΣ /Low Grade ( ΗPV προσβολή –CIN1) και
ΥΨΗΛΟΒΑΘΜΕΣ/Ηigh Grade(CIN2-CIN3)
Οι αλλοιώσεις του ιού στον τράχηλο είναι ασυμπτωματικές, και ο μόνος τρόπος αρχικής ανίχνευσης ή υπόνοιας των αλλοιώσεων, προκύπτει συνήθως μέσω του ελέγχου ρουτίνας από το τεστ Παπανικολάου.
Aυτές οι ασυμπτωματικές ενδοεπιθηλιακές βλάβες είναι ο στόχος της πρόληψης μας. Να ανιχνευτούν βασικά, να ταξινομηθεί η βαρύτητα τους και να σχεδιαστεί ο τρόπος αντιμετώπισης τους αν χρειάζεται ή να οργανωθεί πρωτόκολλο παρακολούθησης (που αποτελεί τη συντριπτική πλειοψηφία συνήθως).
Η προσβολή από τον ιό, δε σημαίνει καρκίνο και οι ενδοεπιθηλιακές αλλοιώσεις επίσης δεν είναι καρκίνος. Θεωρούνται προκαρκινικές και κάποιες από αυτές που δεν θα διαγνωσθούν και θα επιμείνουν μπορεί να οδηγήσουν σε καρκίνο του τραχήλου της μήτρας.
Οι περισσότερες γυναίκες (σχεδόν το 80% θα μολυνθεί από τον ιό, σε κάποια φάση της σεξουαλικής ζωής της) και το 50% των ανδρών θα είναι ασυμπτωματικοί φορείς)
Όμως στο 50-70% που θα προσβληθεί συνήθως η λοίμωξη υποχωρεί αυτόματα
Στο 30% παραμένει στάσιμη και ένα πολύ μικρό ποσοστό θα εξελιχθεί σε υψηλόβαθμες αλλοιώσεις. Κάποιες από τις υψηλόβαθμες παραμένουσες -για έτη- και αθεράπευτες αλλοιώσεις θα οδηγήσουν σε καρκίνο του τραχήλου της μήτρας.